Wzbogacanie genów

ZnalezioneWśród wzbogaconych genów ukierunkowanych na miRNA w szlaku rozwoju układu nerwowego były NLGN1 i NTF3. NLGN1 koduje neuroliginę 1, która jest postsynaptyczną cząsteczką adhezyjną zaangażowaną w regulację transmisji glutaminergicznej. Niedawno wykazano, że NLGN1 ulega ekspresji podczas chondrogenezy i wyznacza tożsamość komórkową chondrocytów stawowych.27 NTF3 koduje neurotrofinę-3, członka rodziny neurotrofin, która kontroluje przeżycie i różnicowanie neuronów ssaków. Białko jest blisko spokrewnione z czynnikiem wzrostu nerwów i neurotropowym czynnikiem pochodzenia mózgowego. W naszym zestawie danych priorytetowo traktowaliśmy gen NTF3 jako prawdopodobny cel miR-502-3 p i zaangażowany w patofizjologię OA. To odkąd NTF3 jest wysoce znacząco podwyższony (FC = 2,7, FDR = 6,6 × 10-6), a miR-502-3 p jest znacząco obniżony (FC = 0,8, FDR = 0,04) w uszkodzonej chrząstce OA, ekspresja NTF3 i miR -502-3 p było odwrotnie skorelowane (r = -0,57, p = 0,007), i są przewidywaną parą docelową mRNA-miRNA (wynik miTG = 0,473). Celowanie w takie dysfunkcjonalne oddziaływanie miRNA-mRNA może stanowić terapeutyczną obietnicę dla rozwoju przedklinicznego, na przykład poprzez zastosowanie miRNA naśladowców miR-502-3 p. Na przykładzie naszej funkcjonalnej walidacji bezpośrednie oddziaływanie docelowe miRNA-mRNA powinno być jednak starannie ocenione, na przykład, za pomocą testów lucyferazy. Ponadto, zalecamy, aby podejście oparte na systemach antyagomirowych lub transfekcjach miR naśladujących, a następnie sekwencjonowanie RNA, było podejmowane w celu uzyskania dokładnego zrozumienia wszystkich zaangażowanych mechanizmów biologicznych. Wreszcie, należy opracować narzędzia bioinformatyczne, które uwzględniają lub wykorzystują fakt, że sekwencja nasienia miRNA (nukleotydy 2 i 7) może być skierowana na region 3UTR wielu mRNA28 lub może wiązać się z innymi częściami gen. Razem, nasz interferome miRNA reprezentuje kompleksową spuściznę, aby bezpośrednio sondować interesujące miRNA z ich prawdopodobnymi szlakami sygnałowymi w dół, przewidywaniami celu i / lub doświadczalnymi walidacjami z odpowiednich baz danych. Fakt, że niektóre z tych narzędzi wykorzystują kryteria publikacji jako eksperymentalne walidacje par docelowych miRNA-mRNA, powinien podnieść świadomość, że może to zakłócić złożone interakcje docelowe miRA-mRNA, zamiast je oświetlać.